Zoals met alle anders schutters aan boord van een B-17, was de primaire taak van de zijluikschutters om te zoeken naar en te verdedigen tegen vijandelijke jagers. Er waren wel een paar dingen die binnen zijn vermogen om dat te doen werden bemoeilijkt, echter. In alle modellen van de B-17, behalve de "G", stonden de schutters direct tegenover elkaar. Dit maakte het manoeuvreren in de strak beperkte ruimte binnen het vliegtuig moeilijk. Regelmatig botsten de schutters tegen elkaar vanwege de bewegingsruimte. Dit leidde ook tot een ander groot probleem op grote hoogte, gebrek aan zuurstof. Vaak trok de schutters per ongeluk elkaars stekker uit het zuurstofsysteemvan het vliegtuig. Als dit ongemerkt ging tijdens een gevecht, werd de getroffen schutter eerste duizelig en viel dan flauw. Als zuurstoftoevoer niet snel was hersteld, dreigde hij in coma te vallen en sterven aan anoxie, een gebrek aan zuurstof.
Het ergste probleem op deze positie was niet de angst om zuurstof te verliezen, maar eerder bevriezing. Tot de "G" model, waren de zijluikramen van de B-17 open met een snelheid van 125 km/u, en met een slipstream van lucht van -50 graden onder nul. Blootstelling aan deze extreem koude lucht, zelfs voor een paar seconden kon resulteren in een milde bevriezing. Om deze vijand te bestrijden, droegen zijluikschutters lagen van zware kleding en een elektrisch verwarmde pak. Deze werden echter op voor het bereiken van de grote hoogte aangetrokken en, terwijl het vliegtuig aan het klimmen was , moest men oppassen dat ze niet gingen zweten, want het zweet zou gaan bevriezen zodra de vlieghoogte werd bereikt waardoor het uitoefenen van hun taak nog ellendiger maakte. Deze koude kon ook leiden tot ijsvorming in de zuurstofmaskers van de zijluikschutters. Dit moest regelmatig worden schoongemaakt anders werd het zuurstoftoevoer geblokkeerd als ze dat niet deden.
De zijluikschutters hadden nog drie andere problemen. De eerste van deze twee was het daadwerkelijk raken van een Duitse vliegtuigen. Het duurde de Duitsers niet lang om erachter te komen dat de beste manier om aan te vallen van recht vooruit. Als hij koos om vanuit 11:00 of 01:00 uur posities te komen ,net links en rechts van de direct aan de voorkant, dan zou de jager nog worden aangevallen door meer wapens dan als hij frontaal aanviel. Als zodanig, de zijluikschutters bevonden zich al snel alleen in staat om kort te vuren als de vijandelijke vliegtuigen door de formatie heen vloog. Een ander ding wat het moeilijk maakte om een Duits vliegtuig te raken was het feit dat de schutters de grote .50 cal mitrailleurs handmatig moesten bedienen met een slipstream van 125 km/u. De zijluikschutters hadden het al moeilijk met het richten op jachtvliegtuigen die vanuit de voorste helft van de formatie kwamen. Dit probleem werd later opgelost door toevoeging van een hulpaandrijving die op de schutter posities in de B-17Gwerd gemonteerd. Er was een andere factor die leidde tot de moeilijkheid om een vijandelijk vliegtuig neer te halen. De zoekers van de .50 cal. machinegeweren in de zijkantwaren gericht met een bal en ring vizier. Dit betekende dat als de schutter niet op precies de juiste hoek door het vizier keek, zou hijzijn doel niet raken. Alleen de rugkoepel- en buikkoepelschutter hadden automatisch corrigerende vizieren die het zicht op het doel van de schutter correct aangaf, ongeacht de schutters positie met betrekking tot zijn vizier. Later, in de "G" model, kregen de zijluikschutters, samen met de bommenrichter en staart schutter soortgelijke viziers op hun posities.
Het laatste probleem wat niet alleen zijluikschutters, maar alle bemanningsleden op de B-17 te maken hadden, was stress. Zelfs als er niet een enkele vijandelijke vliegtuigen daadwerkelijk het vliegtuig beschoot, waren de schutters altijd aan het anticiperen over de volgende aanval. Soms was het meer stress te wachten om te worden aangevallen dan wanneer men daadwerkelijk onder vuur lag. De spanning was bijna erger dan tijdens de hitte van de strijd.
Op de top van zijn taak als schutter, had de zijluikschutters ook andere taken. Ze riepen jager posities door naar andere andere schutters zodat die wisten waar de volgende aanval werd verwacht zodat de navigator het aantal vijandelijke vliegtuigen die de formatie aanvielen in zijn logboek kon schrijven. De zijluikschutters gaven ook door als er vijandelijke jagers waren beschadigd of vernield, B-17's die naar beneden stortten en het aantal parachutes die uit deze neergaande bommenwerpers kwamen. Dit werd gedaan ten behoeve van de navigator en radio-operator, zodat ze deze verliezen tijdens de debriefing kon melden. Als een bemanningslid gewond raakte in het achterste deel van het vliegtuig, was het of een van de zijluikschutters of de radio-operator die eerste hulp gaf. Dit werd veroorzaakt door drie belangrijke factoren. Eén, was het moeilijk voor de bemanning in de neus van het vliegtuig om zijn weg te banen door het bommenruim naar de achterkant van het vliegtuig. Ten tweede, de mitrailleur in de radiokamer was het minst effectief wapen om vijandelijke jagers. Ten slotte, als een van de zijluikschutters zijn positie verliet, moest de andere schutter de mitrailleurs aan de beide zijden bedienen.
De zijluikschutters meldde ook schade aan de piloot en hielp de boordwerktuigkundige bij het repareren van de bommenwerper tijdens de vlucht. Meestal wanneer dat gebeurde, was als het probleem niet kon worden repareerd, dan zou het vliegtuig ontzettend moeilijk, zo niet onmogelijk, worden om te vliegen.
zijluikschutters waren aangeworven mensen meestal met een rang van sergeant of hoger.